Si es que no tenemos arreglo, mira que estar por la motos en plenas navidades...
Ya he entendido tu problema, peeero... aaamooo a veee...
1) Me olvide de decirte que todas las pruebas hay que hacerlas con la junta puesta (y los carters cerrados con el correspondiente par de apriete).
2) Has seguido mis pasos pero no por el orden indicado (eso era importantisimo ya que quien toma aqui la iniciativa es el eje secundario -el del tren "fijo"-). El primario va a "remolque" de lo que "decida" el secundario.
3) No te preocupes de: "pues no sabemos lo que hará luego el calor.", pues como te dije: "pero si que la generara el propio rodamiento en el que se apoya dicho eje. Como consecuencia de ello, los rodamientos obviamente han de tener (y tienen) las tolerancias radial (y axial para este caso) requeridas para la funcion a que esten encomendados... y es ahi precisamente donde esta la madre del cordero.
Todo este tocho para decir que: la tolerancia axial del propio rodamiento, es aquella que actuando el eje bajo cargas axiales (que no presion ejercida por los carters cerrados) sobre el rodamiento no endurezca el funcionamiento de este, precisamente porque es al propio rodamiento que se le debe respetar la susodicha tolerancia axial que ya tiene de fabrica y que esta calculada para trabajar bajo el incremento de temperatura del propio rodamiento y las susodichas cargas axiales (sin mediar aqui la intervencion de presion axial del eje debido a un valor de holgura negativa entre el eje y ambos rodamientos).".

Yo no he sido (ni soy) partidario de modificar nada (en este caso rebajar las arandelas de reglaje); mas bien todo lo contrario: procuro reconstruir lo "destruido" a su estado original; es una norma que aplico siempre (que puedo, claro...).
En tu caso, no estaria de mas escribir en alguna parte de los carters: este motor ha sido cerrado con una junta de n mm de espesor (tus bisnietos -o quizas dentro de otros dos mil años... alguien lo agradecera-), jajajajajajaja
Vuelve a repetir los pasos (por el orden indicado; es decir, primero galga el tren fijo -eje secundario-) y despues ya haras lo mismo con el primario (no te olvides de poner la junta y apretar ambos carters al par de apriete pertinente).
Hacer cabalas sobre el espesor que adquirira la junta una vez apretada es jugarsela todo a "ninguna" carta, ya que esta perdida de espesor respecto al original vendra dado por el propio grosor nominal y la calidad del papel de junta... y eso... es casi impredecible... (y si lo es, no te quepa la menor duda que es menos fiable que poniendo la junta y... apretando los carters)...